B

A项皇帝直接领导六部，是明代废丞相的结果，故A项错误；B项三省分工明确，尚书省辖六部，是典型的隋唐时期中央行政体系，故B项正确；C项皇帝下设三公，是秦代的三公九卿制度，故C项错误；D项仅设一省，属于元代的一省制，故D项错误。