D

六部停止了运行机制，材料没有涉及到，故A项错误；“虽选曹（吏部）有员缺，亦送揭帖与阁，然后注选”表明内阁参与官员的任免，官吏的任免权属于皇帝，故B项错误；明朝设立内阁后就再没有设宰相，故C项错误；“夫威权日盛，则谤议日积，谤议日积，则祸患日深”表明内阁权势日盛带来祸患，故D项正确。