D

随着殖民时期人口长期流动与通婚，混血人口（如梅斯蒂索人、穆拉托人）比例持续上升，至18世纪末已占拉美总人口半数以上，血统混杂导致殖民者难以清晰划分族裔等级，原制度的社会基础逐渐瓦解，殖民当局被迫中止该制度以缓解管理压力，故选D项；启蒙思想虽在18世纪传入拉美，但主要影响土生白人的独立意识，与血统制度崩溃无直接关联，排除A项；19世纪初拉美独立战争才开始，尚未对该制度产生根本性影响，排除B项；印第安人反抗虽存在，但主要集中于局部地区，未直接冲击殖民地的整体族裔等级体系，排除C项。