D

 根据所学知识可知，随着社会环境的逐渐稳定，经济的逐渐增长，西欧各国的王权都有不同程度的加强，到15世纪后期，欧洲民族国家逐渐形成，据此可知“新君主国”的本质内涵是在专制王权之下的统一民族国家的形成，故选D项；“军政合一”体现的是国家政权运作形式，而不是其本质，排除A项；“新君主国”已经摆脱了教皇的控制，而不是受到教皇的控制，排除B项；议会制是近代民主制国家的所采取的一种形式，而“新君主国”是王权专制，排除C项。