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太平天国运动后，清廷在江宁府赋税蠲免问题上做出妥协，根源在于传统治理模式面临困境，清前期僵化的灾损认定和仓谷调用制度，已无法应对战后地方农业的严重破败，地方与中央的钱粮博弈，凸显出原有集权式治理在社会动荡后难以维系，朝廷不得不调整态度以缓和矛盾，故选D项；赋役制度变革并非此时朝廷妥协的原因，晚清赋役制度的重大变革如摊丁入亩早已完成，与材料中战后赋税蠲免的博弈无关，排除A项；旧有体制管理落后是表象，其本质是传统治理模式在社会变局下的适应性失效，并非核心原因，排除B项；人地矛盾加剧主要表现为土地与人口的失衡，材料聚焦的是战后农业损失与赋税蠲免的冲突，与人地矛盾并无直接关联，排除C项。