D

根据材料“自古以来，学校、书籍、图书馆、博物馆等成为文化传承与保护的主要载体”并结合所学可知，戊戌变法时期设置的京师大学堂，采取分科教育方式，是国家最高教育行政机关，④正确；
国子监开始设置的时间是西晋，并非西汉，①错误；
宋代是书院产生和发展的重要时期，其中白鹿洞书院最为著名，②错误；
专门引进、翻译西方军事、工程方面书籍的是江南制造总局，③错误，综上，D正确，排除ABC。