B

随着文艺复兴、宗教改革、启蒙运动以及近代自然科学的发展，到19世纪中期时，基督教神学受到冲击，教会失去原有的权威，因此达尔文的学说虽遭到教会反对，但并未受到教会的人身迫害，故选B项；“普遍”说法过于绝对，排除A项；进化论是对物种起源的一种猜测而提出的一种假说，存在着若干明显的弱点，排除C项；宗教宽容就是允许个人选择并非国家认可的宗教信仰形式的政策，与材料无关，排除D项。