A

据所学可知，明万历年间的起止时间是1573到1620年，属于明朝中后期，在此时期，北部边境的瓦剌和鞑靼两大集团不断威胁明朝的北部边防，并且，由于女真族的不断发展壮大，对明朝政权也产生了威胁，据此可知，“九边”重镇的卫所应在①（辽东镇）和②（蓟州镇），而③和④都位于南方地区，故选择A项符合同意。