D

“发生根本变化”不合史实，20世纪初的中国仍是半殖民地半封建社会，故①错误；根据材料可知，科学社会主义是20世纪初中国社会流行的思想流派之一，故②正确；根据纲要上册所学挽救民族危亡等可知，20世纪初，民族危机空前深重，各阶级各阶层积极救亡图存，三民主义、实业救国、科学社会主义是救国思想的核心思想，故③正确；“被完全取代”不合史实，应为“遭到冲击”，故④错误。选择D项符合题意。