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据材料“太湖流域新石器时代不同阶段水稻遗存相关指标的变化情况”并结合所学可知，太湖流域新石器时代不同阶段水稻遗存相关指标呈现出上升的趋势，随着时间推移，水稻在食物结构中的占比逐渐增加，这反映出原始农耕文明得到发展，故选A项；材料“水稻遗存相关指标的变化情况”仅反映水稻遗存，没有良渚文化的其他食物（如粟、黍等）比较，不能推知良渚文化食物品种单一，排除B项；“文明交流” 需要有 “不同文明间的互动证据”（如外来作物、工具形制传播、文化习俗融合等），但材料聚焦于太湖流域内部水稻遗存相关指标的变化，无任何“文明交流”的证据，排除C项；地理环境是农耕文明发展的重要条件，但并非“决定性因素”，表述绝对化，排除D项。