B

据材料“清政府……直接管理，更较有效”等并结合所学可知，与宣政院委派僧俗官员间接统辖西藏不同，清政府在西藏地区设驻藏办事大臣，实现了对西藏地区政治、军事等方面更有效的直接管理，故选B项；清朝设立理藩院管理边疆民族事务，其属于中央机构，不是直接入藏管理，排除A项；清朝在新疆设立伊犁将军，排除C项；明朝设行都指挥使司等机构管理西藏军民事务，排除D项。