A

材料“云梦秦简秦始皇时期的文献《为吏之道》中，对官吏的种种训导，恰恰充斥了儒家式的劝诫” 可见秦始皇并非只用法家来维护统治，同时也用其它的方法来维持，可见法家思想也有局限性的，故A项正确；在秦朝，儒家始终没有获得正统的地位，也没有太多发展的空间，故B项错误；材料中的考古史料没有涉及坑儒的史实，故C项错误；提供的史料只是说明秦始皇用儒家的方式劝诫官吏，但没有涉及到具体的制度，故D项错误。