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由材料“上帝制造的有序运转、无比神圣的大钟，人们很难看清大钟微妙的内部结构”、“越来越多的人认为自然大钟在仪器面前没有秘密可言”可知随着近代自然科学的发展，冲破了封建神学束缚，人们用科学、理性的视角认识大自然，故选D项；“消除”表述过于绝对，排除A项；“普遍认同”表述不符合史实，排除B项；17、18世纪唯物主义并未成为主流思想，“风靡”表述不符合史实，排除C项。