C

 据材料“经院哲学家们为其根据自然法则……辩护”可知，在文艺复兴的影响下，人文主义对哲学的发展产生了深远的影响，有利于哲学摆脱神学的束缚，独立发展，故选C项；没有比较，单凭材料信息，得不出“大学的包容性增强”的结论，排除A项；16—17世纪，欧洲的自然科学研究取得重大突破，近代科学兴起，而材料是哲学，排除B项；“动摇”说法错误，排除D项。