A

 明治政府由府藩县三治制治理结构变为府县二治制，使得地方行政机构的层级减少，有利于强化中央政权的政令统一，故选A项；国家治理结构的变化主要是为了加强政治方面的统治，而不是促进经济方面的发展，排除B项；克服地方层级过多的问题，最终也是为了强化中央政权的政令统一，排除C项；明治政府对地方管理结构进行的调整，主要目的是为了加强中央政府的权力和统治，而1868年明治政府建立时，就已经确立了明治天皇政府的权威，排除D项。