A

据材料，秦朝北方各郡的面积普遍小于南方各郡，这与南方地广人稀，经济发展水平总体上落后于北方有关，A项正确；
秦朝统一期间黄河流域总体稳定，排除B项；
当时北方人口和经济发展水平超过南方，是政治经济重心所在，排除C项；
“新的矛盾”所指不明，仅从郡县设置情况不能得出引发了新的矛盾，排除D项。
故选：A。
本题考查了郡县制，要求学生阅读史料并结合所学作出回答。
本题考查了郡县制，要求学生具有解读材料信息，调动和运用知识分析历史问题的能力。