C

据所学可知，元朝在澎湖岛设置了澎湖巡检司，负责管辖澎湖和琉球（今台湾），这是历史上中央政府首次在台湾地区正式建立的行政机构，故选C项；公元前60年，西汉朝廷设置西域都护，作为管理西域的最高长官，西域都护的设置，标志着西域正式归属中央政权，排除A项；元朝还设置北庭都元帅府等机构管理西域的军政事务，加强了对西域的管辖，不是台湾地区，排除B项；台湾府是清朝设立的，不是元朝，排除D项。