C

根据“郡县制”“推恩令”“行省制度”可知这些都属于地方行政制度，明朝时期实行的地方行政制度是设立三司，故选C项；科举制是选官制度，御史台是监察机构，都与地方行政机构无关，排除A、B两项；军机处是清代才设立的，排除D项。