D

宣政院，初名总制院，是元朝统治中国时期设立的一个直属中央政府管辖的国家机构，负责掌管全国佛教事宜并统辖吐蕃（今西藏）地区的军政事务，D符合题意。汉朝始设，曹魏改称中书监，晋朝以后称中书省，为秉承君主意旨，掌管机要，发布皇帝诏书、中央政令的最高机构。沿至隋唐，遂成为全国政务中枢（三省六部制），为中央最高政府机关，排除A；枢密院，封建时代中央官署名，五代至元的最高军事机构，排除B；御史台是东汉至元朝设置的中央监察机构，排除C。故选D。