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根据所学知识，民族区域自治制度是我国的一项基本政治制度，它的实施确实实现了少数民族当家做主的愿望，并对维护民族团结、巩固祖国统一和促进民族地区发展具有重大意义。民族区域自治制度是指在我国少数民族聚居的特定地区，依法实行自治，享有自治权利和自治管理权，包括制定自治区域内的自治条例、自治规划和自主经济管理等。这一制度为少数民族提供了实际管理自己事务的权力和机会，使他们能够更好地保护和发展自己的文化、语言、习俗等民族特色，实现平等、团结、互助、和谐的发展，B选项正确；民主集中制是指在中国共产党内部实行的一种组织原则和决策方式，并不直接涉及少数民族自治问题，排除A选项；人民代表大会制度是指在我国实行的基本政治制度，包括全国人民代表大会和地方各级人民代表大会。虽然人民代表大会制度有助于维护民族团结和促进地方发展，但它并不是特别针对少数民族的制度，排除C选项；多党合作和政治协商制度是我国的一项政治制度，通过中国共产党领导下的多党合作和政治协商来实现政治稳定和民主发展。虽然这一制度有助于各方面的合作和协商，但并不是专门针对少数民族自治的制度，排除D选项。