B

“允许日本在通商口岸开设工厂”这表明允许外国在华投资设厂，拓宽了列强对华资本输出的途径，在商品输出的同时，资本输出成为主要的经济侵略方式，故选B项；这一条款与关税主权无关，排除A项；加重了清政府的财政危机的条款是赔偿日军白银两亿两，排除C项；这一条款并没有体现出阻止其他列强在中国开设工厂，排除D项。