B

 据材料“政府通过将军直辖、设置盟旗、土司制度、派驻大臣等方式稳定了边疆局势”可知清代对边疆的治理根据边疆的实际情况而定，体现了国家治理的灵活性，故选B项；材料没有涉及行省制的弊端，排除A项；材料主旨是清代对边疆的治理，与地方财政无关，排除C项；材料主旨是中央对边疆的管理，而非中央的君主制度的调整，排除D项。