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 根据题干中“明太祖时君权膨胀是君主专制加强的自然趋势。”这说明明清时期古代中国封建制度的渐趋衰落使得其君主加强了君主专制，故选D项；根据所学知识可知，相权过大是君主专制加强的直接原因，不是本质，排除A项；根据所学知识可知，在明太祖朱元璋废丞相之前，以相权为核心的官僚体制是可以承担加强中央集权的重任，排除B项；题干内容主要涉及皇权与相权之间的关系，不是中央与地方的关系，排除C项。