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 由材料“神宗要求内阁拟票重罚”“只得遵旨”可知内阁掌握票拟权，但最终的决定权取决于皇帝，故选D项；内阁大学士能够参与机密事务的决策，排除A项；明成祖时期内阁开始参与机密事务的决策，排除B项；内阁掌握票拟权，“按照皇帝传谕来票拟”不符合史实，排除C项。