A

 “册封僧俗首领”“册封达赖和班禅”都属于对当地首领的册封，故①正确；“设行都指挥使司管理军民”“派遣驻藏大臣”都属于在当地设立管理机构，故②正确；明清两代统治者并未迫使少数民族改变原有信仰，允许其保留宗教信仰，故③正确；清代雍正年间开始“改土归流”，而明代仍沿用传统的土司制度，故④错误；选择A项符合题意。