B

据材料“18世纪50年代……新疆自此永入中国一统版图”并结合所学可知，清朝平定新疆割据势力后，设立伊犁将军总领军政事务，加强对新疆地区的管辖，故选B项；1884年，清政府在新疆地区正式建省，加强了对新疆的管辖，排除A项；清朝专设理藩院掌管蒙古族、藏族等民族事务，与新疆无关，排除C项；改土归流是在西南地区实行的政策，强化了清政府对西南地方各民族的管理，排除D项。