B

根据所学知识可知辛亥革命结束君主专制制度，而不是仅仅“动摇皇帝的权威”，故A项错误；根据所学知识可知戊戌变法中皇帝连自己都不能保，当然谈不上“权威”，康有为想利用孔子的权威推动变法，结果也失败了，说明皇帝的权威和孔子的权威都动摇了，故B项正确；根据所学知识可知新文化运动时已经不存在皇帝统治了，故C项错误；根据所学知识可知太平天国运动矛头并没有指向皇帝的权威和孔子的权威，故D项错误。