A

 题干中“启蒙时代的知识分子们醉心于牛顿式的世界机器的宏大设计…只要遵循牛顿的推理方法”，并结合所学启蒙运动的核心是理性，故选A项；天赋人权是启蒙思想家提出来的，而不是牛顿提出的，排除B项；自由平等是启蒙思想家伏尔泰提倡的，排除C项；主权在民是卢梭明确提出的，排除D项。