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根据题目“人类和动物的祖先居然是一样的”及结合所学知识可知，材料评价的是《物种起源》。1859年，达尔文发表《物种起源》，以自然选择的理论解释了生物的进化，强调人也是进化来的，打破了千百年来“上帝创造万物”的神创论，在生物科学和社会思想领域掀起一场伟大革命，故选C项；《自然哲学的数学原理》是牛顿的著作，使物理学成为一门独立的学科，不符合题意，排除A项；《共产党宣言》是1848年马克思和恩格斯共同起草的，标志着马克思主义理论的诞生，与题意不符，排除B项；《战争与和平》是俄国作家托尔斯泰的文学作品，与题意不符，排除D项。