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 据材料“儒、释几如肉受串，处处同其义味矣”可知，明万历年间，儒者讲席遍天下，禅宗借势而起，融佛入儒，即儒学的禅学化趋势加强，故选D项；阶级矛盾激化导致明朝灭亡，排除A项；儒学地位受到佛教冲击与“儒、释……处处同其义味矣”不符，排除B项；经世致用指学问必须有益于国事，与材料无关，且当时主流思想仍是程朱理学，排除C项。