D

根据所学知识， 市舶司是中国在宋、元及明初在各海港设立的管理海上对外贸易的机构，主要是管理海外贸易，D项正确；宣政院负责掌管全国佛教事宜并统辖吐蕃（今西藏）地区的军政事务，澎湖巡检司是元明时期设置于澎湖群岛的机构，北庭都元帅府是在西北地区设立的地方管理机构，排除ABC项。故选D项。