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根据题干“东晋南朝时，江南农作物种类增多……这些农作物大都来自北方”结合所学知识可知，西晋末年以来，大批北方人民为躲避战祸南下，给江南地区带来中原地区先进的生产工具和农业生产技术，也带来大量北方农作物品种，故南方农作物种类的增多主要得益北方人口的南迁，B项正确；南方自然条件优越与农作物种类的增多无关，排除A项；江南开垦大量荒地，耕地面积不断增加，与南方农作物种类的增多无关，排除C项；生产工具的改进，提高了生产效率，与南方农作物种类的增多无关，排除D项。故选B项。